De anaeroba organismerna är helt motsatta av aeroba organismer, de använder inte det diatomiska syret för tillväxt, metabolism och differentiering, dessa fungerar med olika föreningar, vilket ger en underklassificering om mikroorganismerna arbetar med en kemisk förening som kallas pyruvat säger sitt Metabolism är jäsning (de använder jäsning), å andra sidan är det ett annat ämne än pyruvat om det står att det är en organism som övar anaerob andning.
Jäsning består av att erhålla kemisk energi från en katabolisk process och oavslutad eller ofullständig oxidation av en organisk förening, enligt dess slutprodukt kan den klassificeras i alkoholhaltig jäsning eftersom den genererar etanol, mjölksjäsning ger mjölksyra, smörjäsning, bland andra; för sin del består anaeroba andningar av en transportkedja för elektroner som vanligtvis liknar den för aerob andning men istället för den slutliga acceptorn är syre, i detta fall skulle det vara vilken förening som helst av oorganisk natur.
Precis som det finns aeroba bakterier, förekommer också anaeroba bakterier som kan leva utan syre, några av dem finns i människokroppen på platser där det inte finns någon syre, till exempel i tjocktarmen där de fungerar som förstörda bakterier. Avföringsämnen kan klassificeras som: obligatoriska anaeroba bakterier, dessa kan inte växa i områden där det finns syre eftersom det är skadligt och kan orsaka dess förintelse, aerotoleranta bakterier kommer aldrig att använda syre för sina metaboliska processer. men kan leva i syresatta miljöer, fakultativa anaeroberde kan använda syre som den sista elektronacceptorn, men om de befinner sig i miljöer där det inte finns syre använder de fermenteringsvägen.
