Katakomber uppstod med hänvisning till Romkatakomberna, ett namn som ursprungligen gavs till en gammal kyrkogård som ligger inte långt från Appian Way. Kyrkogården av oskyldig (nära Saint-Eustache, i Les Halles område) hade varit i bruk i nästan tio århundraden och hade blivit en källa av infektion för lokalbefolkningen. Efter många klagomål beslutade statsrådet den 9 november 1785 att förbjuda den efterföljande användningen av de oskyldiga kyrkogården och eliminera dess innehåll.
De nedlagda stenbrotten valdes för att ta emot resterna; den staden Paris hade just avslutat en allmän inspektion av stenbrott för att stärka de allmänna vägar undermineras av dem. Byggnadsarbetet utfördes i stenbrottet "Tombe-Issoire", med stora mängder sten, förstärkning av gallerierna och komplettering genom att gräva en trappa, flankerad av en grop i vilken benen kunde kastas.
Överföringen av resterna kunde börja efter välsignelsen och invigningen av platsen den 7 april 1786 och fortsatte fram till 1788, alltid i skymningen och efter en ceremoni där en procession av präster i överflöd sjöng de dödas tjänst. längs vägen vid vagnarna med ben, som var täckta av en svart slöja. Sedan, fram till 1814, fick platsen resterna av alla kyrkogårdar i Paris.
Det fanns andra skäl som ledde till valet av underjordiska utgrävningar. I kristna att känslan var gemenskap levde med stor kraft: de ville också vara tillsammans i " dröm om döden ".
Enligt romersk lag var begravning av den avlidne inom stadsmurarna förbjuden, alla katakomberna var belägna längs de stora konsulära vägarna och i allmänhet i tidens förorter.
Katakomber Paris återupptas den juni 14, 2005 efter flera månaders stängning för konstruktion. Belysningen har justerats, valven har förstärkts och benväggarna omplacerats.