De representerar föreningen av två eller flera aminosyror genom en koppling mellan originalet och peptiderna. I produkter och i proteiner är dessa bindningar relaterade till peptidbindningar och resultatet av reaktionen av karboxylgruppen, med aminogruppen hos en annan, med eliminering av en vattenmolekyl.
Den peptidbindning (-CO-NH-) representeras vanligen som en enkelbindning. Utan dock, har ett antal egenskaper som ungefär som en dubbelbindning. Eftersom kväve är mindre elektronegativt än syre har CO-bindningen 60% dubbelbindningskaraktär medan CN-bindningen är 40%. Därför har CO- och NC-bindningarna i peptidbindningen mellanliggande egenskaper mellan enkelbindningen och dubbelbindningen. I själva verket är de interatomära avstånden som mäts i CO- och CN-bindningarna mellanhänder mellan enkelanslutningarna och dubbelbindningen. Detta atomarrangemang stabiliseras genom resonansså att de sex atomerna som är involverade i bildandet av peptidbindningen finns i samma plan.
En annan viktig konsekvens av resonans är att den ökar peptidbindningens polaritet och skapar ett dipolmoment (rätt figur i tabellen ovan). Av denna anledning kan varje peptidbindning delta i två vätebindningar. I en av dem fungerar -NH- gruppen som en vätedonator och i den andra fungerar -CO- gruppen som en vätereceptor. Denna egenskap bidrar väsentligt till den tredimensionella veckningen av proteiner, som vi kommer att se senare.
Dubbelbindningens partiella natur förhindrar fri rotation av bindningen som förenar C- och N-atomerna i peptidbindningen. Denna styvhet i dubbelbindningen begränsar peptidernas konformationsmöjligheter. Det finns två möjliga konfigurationer:
- Cis-konfiguration: de två Ca är på samma sida av dubbelbindningen.
- Transkonfiguration: de två Ca är på en annan sida av dubbelbindningen.
Det bör noteras att i allmänhet representeras peptidbindningen som en enkelbindning. I alla fall har den flera egenskaper som gör att den ligger nära en dubbelbindning. Det är därför som specialister i allmänhet nämner att en peptidbindning har egenskaper som placerar den halvvägs mellan en enkelbindning och en dubbelbindning.
